使用质子泵抑制剂埃索美拉唑镁治疗可能增加胃肠道感染(如沙门氏菌、弯曲杆菌)的风险。

使用埃索美拉唑镁治疗可能会导致急性间质性肾炎，患者如果在接受该药品治疗期间产生此类状况，应立即停止用药，并到医院就诊，寻求专业医生的帮助，不可擅自使用其他药物治疗。

长期使用埃索美拉唑治疗可能导致维生素B12吸收不良，并随后导致维生素B12缺乏。缺乏的程度与用药剂量有关，停止该药品的治疗后患病率下降。