使用米哚妥林进行治疗也会产生一定的副作用或不良反应，其中常见不良反应包括有：发热性中性细胞减少/恶心/粘膜炎/呕吐/头痛/瘀斑/ 肌肉骨骼痛/鼻出血/装置-相关感染/高血糖/上呼吸道感染等等。因为个体差异，每位患者在接受米哚妥林治疗后产生副作用的时间、副作用的多少、副作用的严重程度都是不同的，这主要是由患者的病情阶段、对药物耐受程度、个人体质决定的。
使用米哚妥林进行治疗可能会发生恶心呕吐的情况，对于用药期间恶心呕吐的现象患者可以治疗前给予预防性止吐药，以减少恶心和呕吐的风险。患者应吞咽整个米哚妥林胶囊，不要打开或压碎胶囊。